本作种共有雷之石、冰之石、火之石、水之石、叶之石与月之石，除了最后一个月之石以外其他的所有石头都可以在玉虹市百货商店4楼买到，5000一个。月之石比较麻烦，在月见山可以作为隐藏道具捡到。
进入月见山后往右边走，按照逆时针方向绕一圈之后在上图的位置下楼梯。
在陨石坑里可以摸到一个月之石。
每天0点固定刷新，请不要错过。
对 尼多娜 使用，使其进化为 尼多后。
对 尼多力诺 使用，使其进化为 尼多王。
对 皮皮 使用，使其进化为 皮可西。
对 胖丁 使用，使其进化为 胖可丁。
化石（化石翼龙 / 菊石兽 / 化石盔）地点：华蓝洞2F 隐藏点会随机出一块化石，但多为金色树果。每天0点固定刷新。SL大法有效。
隐藏点寻找方式，当附近有隐藏道具时候，你头上的搭档尾巴会疯狂摇摆，振幅越高证明你距离道具越近。
Mega进化石在获得7个道馆徽章之后前往常青市的道馆，会发现馆主常年不在。剧情发生之后与劲敌一同回到宝可梦研究所问大木博士具体的原因，之后Green就会跳出来送你一个钥石与4个MEGA石，之后就可以在战斗中进行MEGA进化。这一作PM没办法携带道具，所以不需要携带MEGA石，只要身上有就能MEGA进化。
皇冠获取方法金色王冠
P1P2P3P4P5P6玉虹市游戏城1F的六个位置有几率可以刷到金色王冠。出现的道具有金银皇冠，PP提升等稀有道具，显示时间0点刷新，SL有效。
面对隐藏道具时你肩上的皮卡丘/伊布会疯狂摇尾巴。
银色王冠
枯叶市码头，挑战 茉莉 即可固定获得银色王冠，每日刷新
王冠可以提高宝可梦的个体值，个体值将会决定宝可梦的属性，是十分重要的存在。
金色皇冠可以将宝可梦的个体值全部变为最佳，也就是我们俗称的后期6V，银色王冠可以选择1项个体值变为最佳，遇到的闪光5V精灵也不再遗憾了。
使用方法是将宝可梦训练到100级之后，去华蓝市南方的宝可梦饲养屋找老爷爷对话。
秘术解锁地点秘术袈裟斩
剧情获得，在圣安奴号找到船长之后，和他对话即可学会。
秘术炫光闪
在2号路东侧的居民家里可以找到大木博士的助手，和他对话即可学会炫光闪。学会这个技能以后就能够照亮一片漆黑的地方，如岩山洞窟。
秘术凌空渡
在玉虹市完成火箭队基地的剧情之后，在玉虹市前与一个拿着气球的NPC对话，之后就能够学会凌空渡。学会凌空渡之后就可以直接飞回之前去过的城市，很方便的技能。
秘术水上漂
来到浅红市之后前往狩猎公园，然后与照顾乘龙（拉普拉斯）的男子对话之后就可以学会这个技能，和以前的冲浪一样，可以在水路上移动。
秘术推山掌
在浅红市前往19号路的时候遇到火箭队并发生剧情，之后获得金假牙。回到浅红市，将金假牙还给狩猎区域的园长之后就可以学会这个技能。
袈裟斩、炫光闪、水上漂、推山掌都可以在满足条件的时候直接发动，要使用凌空渡的时候需要打开菜单，选择与皮卡丘/伊布一起玩，然后选择秘术、凌空渡来发动。
阿罗拉宝可梦换取地点华蓝市PC【小拉达】
枯叶市PC【小拳石】
紫苑镇PC【地鼠】
玉虹市PC【穿山甲（皮卡丘限定）/六尾（伊布限定）】
浅红市PC【嘎啦嘎啦】
金黄市PC【雷丘】
红莲镇PC【臭泥（皮卡丘限定）/喵喵（伊布限定）】
宝可梦联盟友好商店【椰蛋树】
神兽位置急冻鸟
急冻鸟的位置在双子岛，需要先拿到秘术水上漂，然后从浅红市前往双子岛。在双子岛上有需要用秘术铁掌推来推下的石柱，四个石柱全推完以后底层的湍流就会平稳下来，这时候就可以用水上漂来到急冻鸟所在的地方。前往红莲镇也需要这么做，所以应该不会错过。
闪电鸟
在无人发电厂的最内部可以找到，前往无人发电厂需要从10号路用水上漂前往。
火焰鸟
火焰鸟的位置在冠军之路，具体位置在冠军之路第三层西北处（有一个警察的位置），之后回到第二层就可以在附近看到火焰鸟。
超梦
超梦在华蓝洞里可以抓到，从华蓝市北口出前往24号路，使用秘书水上漂之后就可以使用。但在通关（宝可梦联盟）之前会有人挡着，通关之后就可以在里面抓到超梦。此外，抓完超梦之后离开洞窟再进入，就可以与小蓝战斗。胜利之后可以从小蓝那里获得超梦的MEGA进化石X与Y。